정상회의(Assembly of Heads of State and Government)
IGAD의 최고 의사결정 기구로 연 1회 회의 개최를 통해 IGAD의 주요 프로그램과 가이드라인, 사무총장 임명 등을 결정
각료이사회(Council of Ministers)
각 회원국의 외무장관 및 각국이 지정한 주요 장관으로 구성되며, 연 2회 회담을 통해 정책 발안 및 사무국의 실무 프로그램과 예산 승인 담당
대사위원회(Committee of Ambassadors)
회원국의 대사 및 본부 승인 전권 대사로 구성되며, 사무총장에게 자문 및 조언 제공
사무국(Secretariat)
IGAD의 실질적 행정을 담당하고 프로그램을 추진하는 기구로, 산하 경제협력 및 사회발전부, 농업환경부, 평화안보부, 행정재정부 등 4개의 부서가 있음